작년 고용증대세액공제를 받았는데 올해는 어떻게 신고해야 할까. 통합고용세액공제 2026년 개정으로 공제금액과 청년 기준, 추징 방식이 모두 바뀌었다. 중소기업 대표가 꼭 확인해야 할 내용을 정리한다.
부산의 한 제조 중소기업 대표가 작년에 신청했던 고용증대세액공제를 올해도 똑같이 신청하려다 막혔다. 직원도 더 뽑았고 매출도 늘었는데, 작년이랑 같은 방식으로는 안 된다는 답이 돌아왔다. 받을 수 있는 공제액도 작년과 달랐다. 어디서 차이가 났을까.
이런 혼란이 지금 곳곳에서 벌어진다. 2025년 귀속분부터 통합고용세액공제로만 신청해야 된다. 그러면서 공제금액이 올랐고, 청년 기준이 바뀌었고, 사후관리 추징 방식도 달라졌다.
작년 방식 그대로 신고하면 받을 수 있는 금액을 놓치거나, 받을 수 없는 인원을 끼워 넣어 나중에 추징을 맞을 수 있다.
이 글은 통합고용세액공제 2026년 적용분이 작년과 무엇이 어떻게 달라졌는지, 기존 고용증대세액공제를 받고 있던 중소기업이 올해 신고 방향을 어떻게 잡아야 되는지를 정리한다.
목차
2026년부터 통합고용세액공제가 이렇게 달라졌다
먼저 통합고용세액공제가 어떤 제도인지부터 짚자.
통합고용세액공제란 2023년에 신설된 제도로, 그전까지 따로 운영되던 고용 관련 세액공제 8개를 하나로 묶은 것이다. 기존 고용증대세액공제, 사회보험료세액공제, 정규직전환 세액공제, 경력단절여성 재고용 세액공제, 육아휴직복귀자 세액공제 등이 이 안으로 들어왔다.
핵심 구조는 전년 대비 상시근로자가 늘어난 만큼 세액을 깍아준다. 공제세액은 늘어난 인원수에 1인당 공제금액을 곱해서 계산한다.
2026년 개정에서 바뀐 부분은 다섯 가지이다.
첫째, 공제금액이 올랐다.
중소기업 청년 등 우대 대상 기준으로 수도권 안에서는 종전 1,100만원에서 1,450만원으로 수도권 밖에서는 1,200만원에서 1,550만원으로 인상되었다.
부산을 포함한 비수도권에 본사를 둔 중소기업이라면 청년 1명을 정규직으로 뽑을 때마다 1,550만원씩 공제 받는다는 뜻이다. 작년에 받았던 금액보다 1인당 350만원 더 들어온다.
둘째,청년 기준이 바뀌었다.
종전에는 해당 과세연도에 15세 이상 34세 이하인 사람만 청년으로 인정했다.
올해부터는 채용 당시에 15~34세였다면 그 이후로 4년간 청년으로 간주한다. 32세에 채용한 직용이 36세가 되어도 4년동안은 우대 대상으로 잡힌다.
작년에 청년으로 잡았던 직원이 올해 35세가 되었다고 자동으로 일반 근로자로 떨어뜨리면 안 된다.
셋째, 1년차 공제는 줄고 2·3년차 공제는 늘었다.
종전에는 첫해에 공제 혜택이 집중되어 있었다. 한번 뽑고 다음 해에 자리가 비어도 첫해 공제만 챙기면 됐다. 이 구조 때문에 단기 고용이 늘어난다는 지적이 있었다.
그래서 2026년부터는 1년차 금액을 낮추고 2,3년차에 더 많이 주는 방식으로 바뀌었다.
중소기업은 한번 채용한 직원을 3년간 유지하면서 3년 동안 누적으로 공제를 받는다.
넷째, 추징 방식이 완화됐다.
종전에는 사후관리 기간 동안 인원이 줄면 받았던 공제액을 전액 토해내야 됐다.
청년 3명 뽑아서 공제 받았는데 1명 그만뒀다고 받은 금액 전체가 추징되는 식이었다. 올해부터는 줄어든 인원에 해당하는 부분만 공제에서 제외된다. 1명 줄면 그 1명분만 정리하면 된다.
다섯째, 상시근로자 수 계산방식이 간소화됐다.
종전 월평균 계산 방식에서 인별 연간 근로기간을 반영한 합계 방식으로 바뀌었다.
실무에서는 큰 차이가 아닐 수 있지만, 중간에 입퇴사가 잦은 기업은 계산 결과가 달라진다.
이 다섯 가지 중에서 작년 방식 그대로 갔다가 가장 자주 손해보는게 첫째와 둘째다. 공제금액 인상은 신청을 안 한 만큼 그대로 손해다. 청년 기준 변경은 모르고 있다가 우대대상으로 분류해야 할 직원을 일반 근로자로 처리해서 차액만큼 놓치는 식이다. 출처:2025년중소기업조세지원
청년 3명 채용 시 공제액 얼마나 받나
말로만 들으면 감이 잘 안 온다.
부산에 있는 한 제조 중소기업이 있다고 하자. 작년 상시근로자가 8명이었다. 올해 청년 3명을 정규직으로 추가 채용해서 11명이 되었다. 친족 직원이나 임원은 포함되지 않는 순수 상시근로자 기준이다.
종전 기준이라면 청년 1명당 1,200만원, 3명이면 3600만원이 1년차 공제다.
2026년 개정 기준으로는 청년 1명당 1550만원, 3명이면 4650만원이다. 1년 기준으로만 1050만원이 더 들어온다.
| 구분 | 종전 (2025년까지) | 2026년 개정 |
|---|---|---|
| 청년 1인당 공제금액 (비수도권 중소기업) | 1,200만원 | 1,550만원 |
| 청년 3명 채용 시 1년차 공제 | 3,600만원 | 4,650만원 |
| 청년 기준 | 해당 과세연도에 15~34세 | 채용 당시 15~34세, 이후 4년간 유지 |
| 추징 방식 | 인원 감소 시 전액 추징 | 감소 인원분만 공제 제외 |
여기서 한 가지 짚어야 된다. 사후관리 2년동안 11명을 유지하면 청년 3명에 해당하는 공제는 2년차, 3년차에도 비슷한 규모로 들어온다. 중소기업은 3년 누적으로 따지면 청년 1명당 받는 공제 총액이 더 커진다.
다만 이 차이는 자동으로 반영되지 않는다. 사장님이 직접 통합고용세액공제 적용 신청을 해야 된다. 세무대리인에게 맡겼다고 해도, 우리 회사가 비수도권 중소기업에 해당하는지, 신규 채용한 직원이 청년기준에 들어가는지를 확인시켜 주는 건 사장님 몫이다.
통합고용세액공제 받을 줄 알았는데 못 받는 사람들
받는 금액을 늘리는 것만큼 중요한 게, 상시 근로자에 들어가지 못하는 사람을 빼는 일이다. 잘못 포함 시켰다가 나중에 적발되면 받았던 공제분이 추징되고 가산세까지 같이 붙는다. 이 부분은 의외로 챙기지 못하는 사장님이 많다.
상시근로자에서 빠지는 대상은 다음과 같다.
근로계약기간이 1년 미만인 근로자. 단기 알바, 6개월짜리 프로젝트 계약직은 포함되지 않는다.
근로기준법상 단기간근로자. 주 소정근로시간이 짧은 파트타이머는 빠진다.
임원. 등기 임원과 비등기임원, 사장님 본인 모두 상시근로자에 들어가지 않는다.
해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자와 그 배우자, 직계존비속. 즉, 사장님의 아내, 자녀, 부모를 직원으로 등록해두고 4대보험에 가입시켰다고 해도 통합고용세액공제 대상에서는 빠진다.
여기서 자주 발생하는 실수
첫째, 가족 직원을 상시근로자에 카운트 하는 경우.
4대보험에 들어가 있고 월급을 받고 있는 자녀나 배우자라도, 통합고용세액공제 인원 산정에서는 빠진다. 작년 상시근로자 수에 가족이 포함되어 있었다면 그것부터 빼고 다시 계산해야 된다.
둘째, 단기 계약직을 정직원으로 잡은 경우.
1년 미만 계약직은 상시근로자에 안 들어가는데, 인사 데이터에서 단순 “정직원” 분류로 잡은 다음 카운트해 버리는 케이스다.
이 두 가지를 정리하지 않고 신청해도 일단 신고는 통과된다.
실제로 현재 직원수를 사업주에게 물어봤을 때 사업주 본인이나 자녀를 포함한 직원수를 불러줄 때가 엄청 많다. 가족은 직원이 아니라 그냥 가족이다.
문제는 사후관리 단계나 세무조사 때 적발되면 그때부터 추징과 가산세가 시작된다는 점이다. 신고 전에 인원 명단을 한 번 더 확인하는 게 안전하다.
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공제 받고 직원이 줄면 어떻게 되나?
통합고용세액공제는 공제 받은 후 2년 간 사후관리 기간을 둔다. 이 기간 동안 상시 근로자 수가 줄어들면 공제액 일부를 추징한다.
다행히 2026년부터는 추징 방식이 완화되어, 줄어든 인원에 해당하는 만큼만 공제에서 제외된다. 청년 3명을 채용해서 공제를 받았는데 다음 해에 1명이 그만뒀다면, 그 1명분에 해당하는 공제만 정리하면 된다. 종전처럼 받은 공제액 전체를 토해내는 일은 없다.
다만 한 가지 조심할 점이 있다.
우대 대상(청년, 장애인, 60세이상, 경력단절근로자)이 줄어든 자리를 일반 근로자로 채워도, 그 자리의 우대 공제분은 제외된다. 11명이라는 인원수 자체는 유지되어도 청년이 일반 근로자로 바뀌었다면 차액은 추징될 수 있다.
사후관리 위반 위험을 줄이려면 두 가지를 챙기자.
첫째, 사후관리 2년 동안 채용인원을 그대로 유지하는 계획을 세운다. 신규 채용 직후 단기간에 퇴사가 잦은 업종이라면 이 부분이 가장 큰 리스크다.
둘째, 청년 등 우대 대상으로 받은 공제는 그 인원을 유지하거나, 그 인원이 나갈 경우 다시 우대 대상으로 채운다. 청년 자리에 청년을 다시 채용하면 우대 공제분이 그대로 유지된다.
기존 고용증대 받고 있던 기업, 올해 어떻게 해야 되나?
작년까지 고용증대세액공제를 받고 있던 우리 회사는 올해 어떻게 신고해야 될까?
정리하자면,
2022년 귀속분까지 고용증대세액공제를 적용받기 시작한 기업은, 그때 받기 시작한 공제분은 사후관리 기간이 끝날 때까지 기존 고용증대 규정대로 이어진다. 사후관리 기간이 끝나기 전까지는 그 트랙이 유지된다.
2023년과 2024년에 신규로 고용 증가가 발생한 분에 대해서는, 그 시점에 고용증대세액공제와 통합고용세액공제 둘 중에 선택할 수 있었다. 이미 한쪽을 선택해 신청했다면 그 선택이 유지된다.
2025년 귀속분부터는 통합고용세액공제로만 적용된다. 더 이상 고용증대세액공제는 신규로 적용할 수 없다.
여기서 자주 헷갈리는 게 사후관리 인원 산정이다. 고용증대로 받았던 분과 통합고용으로 새로 받는 분을 각각 따로 추적해야 된다. 같이 묶어서 전체 평균만 보면 한쪽이 사후관리 위반인데 모르고 넘어갈 수 있다.
작년에 고용증대로 공제 받은 게 있다면, 올해 신고 전에 두 가지를 점검하자. 사후관리 기준 인원이 유지되고 있는지, 그리고 올해 새로 늘어난 인원에 대해 통합고용세액공제 신청을 빠뜨리지 않았는지.
다른 업무도 많은데 이것까지 따로 챙기는게 힘들 수 있지만 제대로 챙긴 서류 하나가 회사 세금을 엄청 줄여줄 수 있다.
마지막으로
통합고용세액공제는 작년 신고 방식을 그대로 가져갈 수 있는 제도가 아니다. 어떤 직원을 뽑았고, 어떻게 유지하고 있고, 누구를 가족 명단에 두고 있느냐에 따라 받을 수 있는 금액이 달라진다.
부산이나 비수도권에서 사업하는 중소기업이라면 청년 1명당 1550만원이라는 한도는 작은 금액이 아니다. 직원3명이면 4650만원, 사후관리 2년을 지켜 누적으로 가면 1억원 가까이도 잡힌다. 작년과 같은 방식으로 신고서를 넘기기 전에 한 번 더 점검할 가치가 있다.